دانشکده اصول الدین در سال 1343شمسی(1384هـ.ق) با نام «کلیه اصول‌الدین» توسط علامه سید مرتضی عسکری(رحمت الله علیه) در بغداد تأسیس شد. این دانشکده پس از یک دوره فعالیت، با محدودیت‌هایی از سوی رژیم بعثی عراق روبرو شد که به مهاجرت اجباری علامه عسکری(ره) و مصادره و تعطیلی دانشکده منتهی گردید. پس از پیروزی انقلاب اسلامی، در پی توصیه مکتوب مقام معظم رهبری (مدظله العالی) به علامه عسکری(ره) و پس از اخذ مجوز از وزارت فرهنگ و آموزش عالی وقت اساسنامۀ آن در تاريخ 1374/10/19 در جلسه شوراي عالي انقلاب فرهنگي تصويب گرديد و در تاريخ 1374/12/19 طي حكمي از سوي وزير وقت فرهنگ و آموزش عالي دكتر سيدمحمدرضا هاشمي گلپايگاني، مرحوم علامه سيدمرتضي عسكري(ره) به رياست دانشكده منصوب گرديدند، از این رو دانشکده فعالیت خود را به منظور تربیت متخصصان در زمینه علوم قرآن، حدیث، سیره و علوم اسلامی در ایران از سرگرفت.